果汁型果冻的pH一般在4.5以下，正常情况下，不会有细菌生成，其变质的主要原因是酵母菌和霉菌引起的，在室温条件下，果汁会因酒精发酵而变质，继而会因在表面上的酵母菌或者霉菌的繁殖造成酒精和水果酸氧化。一般情况下，影响果汁型果冻质量的主要因素有氧气，酶促反应，化学反应和微生物等。

        氧气：氧气是果汁变质的物质基础。酶反应，维生素的氧化均需要氧的参加，大部分微生物的生长繁殖也和氧的存在有关。在果汁的榨取、罐装过程中会混入大量的氧气。因此，在果冻封装时应采取相应的脱氧处理。

        酶促反应：在果汁加工过程中，果蔬组织遭到破坏，各种酶将从细胞中溢出，酶促反应立即加速，其中主要的是多酚氧化酶、抗坏血酸氧化酶、过氧化物酶和多酚氧化酶等。水果典型芳香成分主要是脂类物质，在酶的作用下，脂类芳香物就被分解从而使果冻风味改变。因此，在制作果汁型果冻原料时必须采用相应的灭酶处理，从而使果冻保质期更加长久。

        微生物：微生物是影响果汁型果冻的重要因素，果汁型果冻的破坏方式有三种，即长霉、发酵、二氧化碳的酸败。这主要是在果汁型果冻加工过程中污染霉菌所致。一般情况下，微生物引起的酸败，可以采用严格的高温杀菌处理来避免。

        其他因素：除了上述因素外，光照，温度，含水量等也常常影响果冻的质量。如在加工时受到人造光源会使其中的一些维生素破坏。果冻会引起温度升高而加速变质。